Стоит ли говорить, что в начале 1930-х Айснер подверглась травле; газету, как и всю Германию, стали "очищать" от евреев и только предупреждающий телефонный звонок спас Айснер от надвигающегося ареста в 1933-м году. Она уехала во Францию, где работала секретаршей, няней и переводчиком, изредка публикуя статьи о кино, в том числе в британских и чешских изданиях. В этот период началось ее сотрудничество с Анри Ланглуа, основавшим в 1936-м году Синематеку, которой суждено было сыграть в истории кино особую роль — в том числе роль "колыбели" французской "новой волны". После капитуляции Франции в 1940-м году Айснер была помещена в лагерь для интернированных в Гюрсе, на свободном от оккупации юге страны. Через три месяца ей удалось бежать. В 1942-м году ее мать погибла в нацистском концлагере. Под именем Луизы Эскоффьер Лотте Айснер прожила в Фижаке, городе на юге Франции, до конца войны. Даже в этот тяжелейший период жизни она не порывала с кино, укрывая ту часть фондов Синематеки, которую удалось спасти от конфискации в 1940-м году.
В 1945-м Айснер стала главным архивистом Синематеки и оставалась на этом посту тридцать лет. Если Ланглуа, по выражению
Жана Кокто, был "драконом, охраняющим сокровища", то Айснер — его основной в этом помощницей. Ее деятельность была разнообразна — активно пользуясь своими широчайшими связями в мире кино, она собирала фильмы и связанные с кино раритеты, читала лекции, устраивала выставки и ретроспективы, писала книги и статьи — в том числе для нового, ставшего впоследствии легендарным, журнала "Cahiers du cinema". Синематека испытывала постоянные финансовые затруднения и нехватку персонала — Айснер даже приходилось самой продавать билеты на просмотры. В 1952-м она стала одним из инициаторов создания Комитета по изучению истории кино, который объединил специалистов из разных стран. В том же году в Париже вышел в свет главный труд Айснер — книга "Демонический экран: влияние Макса Рейнгардта и экспрессионизм", которая впоследствии дополнялась, не раз переиздавалась и была переведена на многие языки.
Немецкое кино всегда оставалось основным предметом научных интересов Айснер: две другие ее фундаментальные работы были посвящены
Фридриху Вильгельму Мурнау ("величайшему режиссеру, какого когда-либо знала Германия", по мнению Айснер) и
Фрицу Лангу, который лично отредактировал книгу о себе. Айснер внимательно следила за текущим кинопроцессом в Западной Германии: к примеру, она была одной из немногих, кто сразу по достоинству оценил единственный режиссерский опыт актера-реэмигранта
Петера Лорре — фильм
Потерянный (
Der Verlorene, 1951), явственно выделявшийся на бледном фоне эскапистских коммерческих картин тех лет. С большим энтузиазмом Айснер отнеслась к "новому немецкому кино" конца 1960-х — 1970-х годов. Одной из первых она поверила в его талантливость и перспективность, стараясь привлечь к нему внимание во Франции и других странах.
Если в 1950-е для будущих режиссеров французской "новой волны" Айснер, наряду с Анри Ланглуа, уже была человеком легендарным, то для молодых немецких постановщиков она стала даже чем-то большим — необходимым "связующим звеном" между ними и мощным немым кино донацистской Германии, которое к тому же не было запятнано чудовищными деяниями "отцов". Многие режиссеры "нового немецкого кино" навещали Айснер в ее парижской квартире, зачастую просили предварительно просмотреть их новые фильмы. "Карл Великий отправился в свое время за помазанием к Папе Римскому, а новое немецкое кино получило благословение Лотте Айснер, — говорит в интервью режиссер
Вернер Херцог, самый последовательный и восторженный из ее почитателей. — (...) Только у человека такого масштаба было законное право утверждать, что мы делаем подлинное кино". Склонный к действительно сильным жестам, Херцог совершил поступок, который уже многократно описан, но который нельзя не упомянуть и здесь. Узнав, что Айснер при смерти, он шел пешком от Мюнхена до Парижа, веря, что это ее спасет. Он как будто физически связал себя с ней — теперь их имена всегда будут упоминаться рядом. Кто знает, благодаря Херцогу или нет, но Айснер выздоровела и прожила еще девять лет. Оставив свой пост в Синематеке, она, в частности, работала над мемуарами, которые были опубликованы уже после ее смерти в 1983-м году под названием "Когда-то у меня была прекрасная родина". За несколько лет до этого об Айснер были сделаны сразу две документальных картины -
Лотте Айснер в Германии (
Lotte Eisner in Germany, реж. С. Марк Хоровитц, 1979) и
Долгие каникулы Лотте Айснер (
Die langen Ferien der Lotte Eisner, реж. Сохраб Шахид Салесс, 1979). Голос Айснер можно услышать в видовом фильме Херцога
Фата-моргана (
Fata Morgana, 1971), где она читает закадровый текст. Херцог посвятил ей свой фильм
Каждый за себя, а Бог против всех (
Jeder für sich und Gott gegen alle, 1974), через десять лет то же сделал
Вим Вендерс в фильме
Париж, Техас (
Paris, Texas, 1984), получившем "Золотую пальмовую ветвь".