Начиналась вторая мировая война, и поскольку фестиваль был тесно связан с Министерством народной культуры, пропагандистская система окончательно подчинила его себе. Про-нацистские чиновники (такие, как Алессандро Паволини из Министерства народной культуры), оглядывающиеся на опыт нацистского культурного гляйхшальтунга (захват контроля над общественными и политическими процессам), не могли не включить столь мощное орудие пропаганды, как кинофестиваль, в военный арсенал нации. Рост кинофестиваля, его очевидная пропагандистская ценность и покровительство фашистской партии, приобретшее совсем иные черты, – все это привело к трансформации фестиваля после 1936 года. Как с юридической, так и с организационной точек зрения. Все активнее контролируя процесс производства и распространения фильмов, Министерство народной культуры во главе с Дино Альфиери занялось фестивалем вплотную. По закону от 13 февраля 1936 года кинофестиваль был отделен от Биеннале и теперь обладал статусом ente autonomo, самостоятельной юридической единицы, равноправной Биеннале в целом.

До 1936 года кинофестивалем занимались комиссии, состав которых определяла администрация Биеннале; теперь же в эти комиссии входили партийные функционеры и чиновники. Глава Департамента кинематографии при Министерстве народной культуры, президент LUCE и президент Фашистской национальной федерации индустрии развлечений занимали на фестивале должности, на которые их назначало правительство. По закону, определяющему размер финансовых вливаний в новую независимую структуру, Биеннале выделяла фестивалю 10 000 лир, Венеция – 20 000, а Министерство народной культуры – 30 000. Таким образом, на 1935 год министерство пропаганды оказывало фестивалю максимальную финансовую поддержку и рассчитывало на максимум участия в его судьбе. Окончательная реструктуризация произошла в 1940 году, когда фестиваль переименовали в Manifestazione Cinematografica Italo-Germanica (Итало-германский кинофестиваль). Кабинет Муссолини не утверждал план проведения кинофестиваля 1943 года вплоть до июня месяца. В его организации участвовало и министерство Геббельса.

Кинофестиваль 1942 года имел малого общего со своей изначальной версией. В Mostra di Guerra участвовали лишь державы Оси, их сателлиты, марионеточные государства и страны-попутчики. Фестиваль стал, по сути, смотром итальянского и немецкого кино: обе державы представили по шесть картин, в то время как другие страны Оси – Словакия, Хорватия, Румыния и Венгрия – привезли всего по два-три фильма. Состав остальных участников ограничивался Испанией, Португалией и Швейцарией. Каждый сеанс предваряли документальные фильмы о военных победах фашистской Италии и нацистской Германии.

Форму и содержание мероприятия определяли война и решимость обоих государств использовать в ней средства кинематографа. Пресса признавала кинофестиваль символом мощи стран Оси, подчеркивая роль кинематографа в победе коалиции. "С самого открытия, - одобрительно отзывалась о мероприятии Rassegna dell'oltremare, – Венецианский кинофестиваль посвятил себя теме войны… Европейское кино представлено в этом году в едином ключе. Лицо этого кинематографа сурово, но прекрасно". Римская газета Tribuna называла фестиваль предвестником будущего: "Но у венецианского смотра есть и еще одна цель: обозначить духовные ценности, которые страны Оси подарят Европе будущего. Соответственно, Италия и Германия занимают на фестивале главенствующие позиции". Даже специализированные журналы о кино, такие как Primi piani, считали, что ориентация на войну пошла фестивалю на пользу, и видели в этом здравый отказ от голливудской поверхностности 1930-х. Обозреватель Primi piani радовался тому, что "обычных див, полу-див и мини-див в шортиках… импортированных компанией Хёрста" сменили "наши прекрасно воспитанные и полные творческих сил соотечественники".

Нацистская Германия требовала заменить арт- и кинокритику тем, что Геббельс назвал "арт-журналистикой", и, усвоив это, многие итальянские газеты попросту пересказывали и описывали фильмы, представленные в Венеции. Нацистская культурная идеология отвергала арт-критику, считая ее еврейской и модернистской ересью, призванной отвлекать народ от истинной сути искусства. И администрация Биеннале отменила все пресс-показы для критиков и журналистов, чтобы "неточные и опрометчивые суждения" рецензентов не портили от природы здоровые вкусы публики. Один из постулатов возрожденного фашистского популизма гласил: "Самостоятельные суждения публики почти всегда верны, поскольку они являются коллективными".

Несмотря на эти ограничения, некоторые кинообозреватели продолжали высказывать более критические суждения о фестивале, чем их коллеги из ежедневных газет. Но они чаще писали о технических аспектах кино, а не о выборе материала и особенностях киноязыка. Такие журналы, как Cinema (его редактором был сын Муссолини, Витторио, сторонник фашистской политики культурной автаркии), расхваливали технические достижения цветного немецкого кино - к примеру, фильма Великий король Файта Харлана, воспевающего Фридриха Великого. Другие рецензенты указывали на достоинства современной итальянской цветной анимации, патриотично замечая, что их "мультфильмы вполне могут соперничать с американскими". Особенно активно в прессе обсуждались итальянские мультфильмы Сгрилли, снятые на студии Bassoli Film, которые, как считалось, могли бросить вызов запрещенной диснеевской анимации. "Фестиваль 1942 года ознаменовал зарождение итальянской анимации, и это не что иное, как огромный успех", - писала Italia-Roma.

Однако, учитывая кардинальные изменения в структуре фестиваля, единогласия в прессе добиться так и не удалось. Cinema, обычно поддерживающий правительство в его стремлении использовать кино в государственных целях, сокрушался по поводу мертвенного конформизма фестиваля:
Война диктует свои железные законы даже в Венеции. Там царит безмолвное, беззубое единство. Борьбе и спорам, что когда-то питали бездыханное ныне тело, пришел конец. Сегодня и думать не приходится о былом энтузиазме и долгих дебатах, будораживших умы и критиков, и зрителей.
Обозреватель Mediterraneo саркастично сравнивал ранние кинофестивали, в которых участвовали Марлен Дитрих и герцогиня Виндзорская, с мероприятием 1942 года: о нем зрители могли сказать лишь то, что "теперь [они] знают, как живут в сельской местности и прибрежных районах Португалии, Испании, Финляндии, Швеции и Венгрии".

Жанры фильмов, показанных летом 1942 года, значительно отличались от тех, что преобладали в 1930-е. Программа состояла в основном из драм, в ней было очень мало комедий, а "кино белых телефонов", столь популярное в середине 1930-х, и вовсе исчезло. "Фильмами белых телефонов" называли комедии положений периода депрессии с роскошными интерьерами и гламурными звездами. Один из обозревателей оплакивал "отсутствие триллеров, драм из жизни высшего общества, соблазнительных костюмов и белых телефонов, от которых мы были вынуждены отгородиться по важным и существенным причинам".

Летом 1942 года в программе преобладали антикоммунистические картины, за которыми шли исторические драмы с националистским уклоном. "Антибольшевистские фильмы удивительно сочетались друг с другом, - писали в пармском Tiamma. – Такие фильмы снимают почти во всех странах, воюющих на русском фронте". Италия представила картину Noi Vivi (Мы, живые), Венгрия – Искупление, Испания вынесла на суд зрителей Женитьбу в аду, Румыния (совместно с Италией) показала Odessa in fiamme (Одесса в огне), а Финляндия привезла фильм За границей. Фильмы Военного фестиваля ни духа, ни реалий новой Европы не передавали, вместо этого в них изображался общий враг в лице большевиков.

Два итальянских фильма, наиболее восторженно встреченные критиками и собравшие главные призы Венеции, рассказывали о фашизме военного времени. В Бенгази, получившем Кубок Муссолини, и Мы, живые, награжденном Призом Биеннале, в момент величайшего кризиса проявляются изъяны фашистской идеологии. В двух этих фильмах изображен враг, "чужой", которому противостоит фашизм, но самого фашизма нет. Оба фильма представляют взгляд на то, с чем нужно бороться, но не то, ради чего стоит вести эту борьбу. Оба эти фильма говорили о том, что у фашистского режима по-прежнему не было лица и основательно укорененной системы принципов. Картины свидетельствуют о том, что новая идеология опиралась на дофашистские категории идентичности и социокультурные связи, чтобы объяснить, "почему мы воюем".